Den 64 år gamle mannen ble lagt inn på sykehus med tredjegradsforbrenning flere steder på kroppen og skader på vitale organer. Han døde mandag av organsvikt.
Munken satte fyr på seg selv under en demonstrasjon mot avtalen mellom Sør-Korea og Japan.
I en notatblokk har mannen beskrevet Sør-Koreas president Park Geun-hye som en forræder på grunn av en avtale hennes regjering inngikk med Japan i 2015.
Blitt kraftig kritisert
Målet med avtalen var å få slutt på mange tiår med konflikt om de mange tusen koreanske kvinnene som ble brukt som sexslaver for japanske soldater før og under andre verdenskrig.
I henhold til avtalen skal Japan finansiere en stiftelse som skal opprettes for å hjelpe dem som ble holdt som såkalte «komfortkvinner».
Som motytelse, skulle Sør-Korea slutte å kritisere Japan for praksisen.
Avtalen er blitt kraftig kritisert fordi den er forhandlet fram uten at ofrene har godkjent den. Da den ble underskrevet skal 46 av kvinnene fortsatt ha vært i live.
Strid om statue
Samtidig med munkens protest har det også blusset opp en strid etter at en aktivistgruppe satte opp en statue av en «komfortkvinne» utenfor det japanske konsulatet Sør-Koreas nest største by, Busan.
Japan kalte hjem sin ambassadør i protest mot minnesmerket.
– Det er ekstremt beklagelig at statuen er satt opp, sa ambassadør Yasumasa Nagamine til reportere da han forlot Seoul mandag for å reise hjem til Japan.