85-åringen ble fløyet bort fra Tora-fengselet i de sørlige forstedene av Kairo og til et militærsykehus. Det opplyser en general i innenriksdepartementet til nyhetsbyrået AFP.
Det skjer etter at påtalemyndigheten i Egypt tidligere i dag ga ordre om at Mubarak skulle løslates fra fengsel.
Han skal nå i stedet sitte i husarrest, mens han venter på at saken mot ham blir behandlet på nytt.
Neste runde for Mubarak i retten kommer allerede førstkommende søndag.
Jubel utenfor fengselet
Utenfor Tora-fengselet hadde noen titalls Mubarak-tilhengere samlet seg for å feire løslatelsen.
– Han var en god mann. Jeg er her fordi han er uskyldig og fordi det muslimske brorskapet ødela landet. De fjernet en general og ga oss et esel, sa Omm Karim til NRK utenfor fengselet.
Med esel mener hun den avsatte presidenten fra det egyptiske brorskapet, Mohamed Morsi.
– Vi elsker Mubarak, sa en annen, Mohamed Hussein, er arbeidsledig mann på 36 år, til nyhetsbyrået Reuters.
Han fikk støtte av sin søster Fatheya: «Er det ikke nok at i løpet av 30 år trakk han oss ikke in krig, og lot oss leve i verdighet?»
Artikkelen fortsetter under bildet.
Kan bidra til opptrapping
Den nye ordren kommer bare seks uker etter at Egypts militære avsatte den demokratisk valgte, islamistiske presidenten Mohamed Mursi.
Løslatelse av Mubarak kan bidra til en ytterligere opptrapping av konflikten mellom de nye militærstøttede myndighetene og Det muslimske brorskap.
Datteren til et av de fengslede medlemmene av brorskapet, Khairat al-Shater, skjelte ut journalister utenfor Tora-fengselet.
– Hvorfor venter dere på Mubarak? Hvorfor venter dere i solen og varmen? Dere vet at han ikke vil komme ut her. Det er oss islamister som sitter fengslet her, sa datteren Khadija utenfor fengselet.