Togsettet var på vei mellom Niagara Falls på grensa til USA og Toronto da to vogner havnet utenfor skinnegangen, opplyser togselskapet Via Rail.
Det var om lag 75 mennesker om bord i togsettet da ulykken skjedde og tre er bekreftet omkommet, opplyser borgermesteren i Burlington, Rick Goldring, til Canadian Press.
– Folk skrek, ting fløy forbi, alt kollapset, sier en av passasjerene ifølge EBU.
De tre som omkom skal være ansatte på toget. 45 personer er skadd etter ulykken, og flere ble fraktet til sykehus med luftambulanse.
Ordører i Burlington, Rick Goldring, bekrefter at tre personer omkom i ulykken. Tre bygninger i nærheten skal ha blitt ødelagt etter krasjet.