Det skal være et stort antall barn blant de savnede, opplyser landets samferdselsdepartement.
Overlevende sier at de fleste om bord var skolebarn med foreldre på vei til hovedstaden Freetown.
Båten hadde rukket å stoppe flere steder for å plukke opp passasjerer da ulykken skjedde i Sierra Leone-elven ikke langt fra landsbyen Tombo, 80 kilometer øst Freetown.
Tolv funnet omkommet
Tolv personer er funnet omkommet og rundt 40 personer er reddet. Ifølge passasjerlisten var det 241 mennesker om bord, men landets samferdselsminister sier det kan ha vært over 300 mennesker om bord i båten.
– Den offisielle passasjerlisten har 241 navn. Men det er kun passasjerer med bagasje som er registrert. Heller ikke noen av de mange barna som var om bord er oppført på passasjerlisten, sier visesamferdselsminister Osmond Hanciles.
Foreldrene til et av de savnede barnene sa at det tok mer enn ti timer før myndighetene fikk i stand en leteaksjon. Det var en av de som overlevde ulykken som slo alarm etter å ha svømt til land ved hjelp av en plastkonteiner.
Dårlig vær
Det var dårlig vær med regn og kraftig vind da ulykken skjedde i går kveld. Ifølge offisielle kilder sank båten bare minutter etter at den ble truffet av kraftige vindkraft og voldsomt regn.
Dykkere søker fremdeles etter savnede personer i et område nær byen Tombo, som ligger 80 kilometer sørøst for hovedstaden Freetown. Men arbeidet tar tid på grunn av det dårlige været.
Skal etterforskes
Informasjonsministeren i Sierra Leone, Ben Kargbo, sier til nyhetsbyrået AFP at omstendighetene som ledet til ulykken vil bli etterforsket.
- President Ernest Koroma sørger over ulykken, og sier at militæret gjorde alt de kunne for å redde passasjerene. Vi kondolerer til hele befolkningen i Sierra Leone, legger han til.
Båtulykker skjer med jevne mellomrom under regntiden i det vestafrikanske landet. Ifølge lokalbefolkningen mangler mange av båtene som frakter passasjerer langs kysten av landet redningsvester og annet sikkerhetsutstyr.
