Mandagens bomber var plassert ved to hotell og et diskotek i Sungai Kolok på grensa mot Malaysia.
Politiet greide å uskadeliggjøre en av bombene som var skjult, og mistenker militante muslimer for å stå bak.
Militante muslimer forsøkte trolig å ramme uskyldige mennesker i forbindelse med nyttårsfeiringen, sier den lokale politisjefen Prabphan Meemongkon.
Over 2.800 mennesker er drept siden separatister innledet sin væpnede kamp sør i Thailand for fire år siden.