De nedlagte brønnene ligger i nærheten av feriestedet Praia de Luz, som jenta forsvant fra i 2007. Brønnene har blitt undersøkt av både politi og dykkere.
Den britiske avisen The Guardian skal brønnene også være ligge i nærheten av strender som den hovedmistenkte tyskeren i saken har brukt.
Stedet skal for eksempel være i nærheten av stranden der campingbilen hans ble fotografert i 2007.
Ifølge Sky News har politiet foreløpig ikke gjort noen funn.
Ble tatt opp igjen
Etterforskningen av Madeleine McCanns forsvinning ble tatt opp igjen i juni etter at tyske myndigheter kunngjorde at de etterforsker en domfelt tysk mann.
Den hovedmistenkte tyskeren skal ha stått på en liste med 600 navn etter at Madeleine forsvant i 2007.
Mannen har et kriminelt rulleblad som også inkluderer overgrep mot barn.
Tyskeren sitter nå i et fengsel i Kiel i Tyskland for andre forhold enn Madeleine-saken, blant annet for voldtekt og narkotikakriminalitet.
Han blir også koblet til to andre forsvinningssaker.
Tysk politi gikk nylig ut og sa at de har bevis på at Madeleine McCann er død, og at de derfor behandler dette som en drapssak.
Den tyske statsadvokaten Hans Christian Wolters, som etterforsker den 13 år gamle forsvinningen av Madeleine McCann i Portugal, skal ha skrevet et brev til jentas foreldre Kate og Gerry McCann.
I brevet skal det stå at Wolters sitter på «konkrete bevis» for at datteren deres er død, men statsadvokaten skrev at han ikke kan fortelle om disse bevisene uten å sette hele etterforskningen i fare.
Ser på det som en forsvinningssak
I en uttalelse på sin nettside skrev imidlertid Kate og Gerry McCann at rapporter om korrespondansen i britiske medier har medført «unødvendig angst for venner og familie og nok en gang forstyrret livene deres».
Britisk politi melder imidlertid at de fortsatt ser på Madeleine-saken som en forsvinningssak.
Madeleine McCann forsvant fra familiens feriested i feriebyen Praia da Luz på Algarvekysten 3. mai 2007, like før sin fireårsdag.
Foreldrene Garry og Kate sier de aldri har gitt opp håpet om å finne den forsvunne datteren.
Les også: