Presidenten deltok i en høyprofilert seremoni på plassen utenfor Sorbonne universitetet i Paris.
Stedet for minnemarkeringen var valgt for å legge vekt på lærerens sentrale rolle i den franske republikken.
Familie, lærerkollegaer og venner av Samuel Paty omkranset kisten med den drepte læreren.
Seremonien startet med sangen «One» av det irske rockebandet U2, spilt over høyttaleranlegget på seremoniplassen, etter familiens ønske.
Familien til den drepte læreren Samuel Paty var til stede under seremonien onsdag kveld, sammen med 400 inviterte gjester.
Tidligere onsdag overrakte presidenten Frankrikes høyeste sivile utmerkelse, «Legion d'Honneur», til lærerens kone, skriver France 24.
Macron hyllet Samuel Paty som ble halshugget sist fredag. Presidenten ber lærerne fortsette å være modige.
– Vi skal ikke gi opp å bruke karikaturtegninger i undervisningen, sa presidenten, skriver nyhetsbyrået AFP.
Macron sa at Paty ble drept fordi han «legemliggjorde republikken».
– Han ble drept fordi islamister vil ha vår fremtid. Den skal de aldri få, sa Macron.
Macron ser kisten med den drepte læreren bli båret til minnemarkeringen på plassen utenfor Sorbonne universitetet i Paris onsdag kveld. Presidenten hyller lærerne og ber dem være modige.
Foto: Pool / ReutersPolitiet mener Paty ble drept fordi han hadde vist fram karikaturtegninger av profeten Muhammed i undervisningen om ytringsfrihet.
I talen sa Macron at gjerningsmannen og hans hjelpere var «feiginger» som drepte Paty fordi han representerte de sekulære, demokratiske verdiene i den franske republikken.
- Les også:
Sju er tiltalt for medvirkning
Påtalemyndigheten vil tiltale sju personer for medvirkning til drapet på læreren.
Det sier aktor Jean-François Ricard, skriver France 24.
Blant de tiltale er to elever i klassen som Paty underviste. De skal ha vært med i en gruppe som delte 350 euro som drapsmannen hadde gitt dem mot at de pekte ut læreren for ham.
Ifølge aktor skal de to elevene ha ventet sammen med den 18 år gamle drapsmannen i over to timer for å vente på at læreren skulle dukke opp.
President Macron holdt en personlig og følelsesladet tale onsdag kveld, i minneseremonien etter drapet på læreren samuel Paty.
Foto: Pool / ReutersPå gaten på vei hjem fra skolen i tettstedet Conflans-Sainte-Honorine nord for Paris ble Samuel Paty halshugget. Gjerningsmannen var en 18-åring opprinnelig fra Tsjetsjenia.
Samuel Paty skal ha vært offer for en svertekampanje på sosiale medier. Conflans-Sainte-Honorine outside Paris.
Sterke reaksjoner
Drapet på læreren har utløst sterke reaksjoner i det franske samfunnet. Over hele landet er det gjennomført minnemarsjer og støttemarkeringer etter drapet.
Tirsdag deltok tusener av franskmenn i en minneseremoni i Conflans-Sainte-Honorine der Paty var lærer.
President Macron lover å øke innsatsen mot islamsk ekstremisme i tiden som kommer.
– Våre landsmenn forventer handling, sa Macron tirsdag.
– Vi skal trappe opp innsatsen, lovet Macron.
Tirsdag ble det kjent at en organisasjon med forbindelse til Hamas, vil bli oppløst. Franske myndigheter vurderer å stenge flere muslimske organisasjoner som står bak hatefulle ytringer.
Etter drapet har myndigheten stengt flere moskeer der de mener det er blitt oppfordret til hatretorikk og støtte for drapet på læreren.
Flere tusen franskmenn deltok i en minnemarkering tirsdag kveld i Conflans-Sainte-Honorine, der Samuel Paty var lærer.
Foto: Gonzalo Fuentes / Reuters