90.000 passasjerer blir berørt, opplyste selskapet mandag.
58 interkontinentale flyginger er blant dem som innstilles.
Onsdag regner imidlertid selskapet med at trafikken vil gå som normalt igjen.
Krever 6 prosents lønnsøkning
Medlemmer av fagforbundet Verdi på flyplassen i Frankfurt er tatt ut i streik som ledd i en større arbeidskonflikt i tysk offentlig sektor.
Fagforbundet krever 6 prosents lønnsøkning for rundt 2,3 millioner offentlig ansatte.
På flyplassen i Frankfurt, som er Tysklands største, er blant annet brannmannskaper tatt ut i streik.