Beslutningen ble kunngjort i Kenyas hovedstad Nairobi onsdag og betyr at MSF trekker seg ut av det krigsherjede landet etter 22 års virksomhet.
Alle medisinske prosjekter i landet er stanset fra og med onsdag.
Vedtaket er et betydelig slag mot renommeet til den internasjonalt støttede regjeringen i Somalia.
– Ved å velge å drepe, angripe og bortføre humanitære hjelpearbeidere har disse væpnede gruppene og de sivile myndighetene som aksepterer deres handlinger, beseglet skjebnen til utallige mennesker i Somalia, sier MSFs president Unni Karunakara.
–Vi stenger våre prosjekter fordi risikoen vi løper ogkompromissene vi må inngå, ikke lenger står i forhold til vår mulighet til å hjelpe det somaliske folk, sa Karunakara på en pressekonferanse i Nairobi.