Aleksandr Murakhovskij skal selv ha kommet ut fra skogen, og blir nå undersøkt av helsepersonell, opplyser lokale myndigheter til russiske medier.
Han ble meldt savnet sist fredag etter at han ikke kom tilbake fra en jakttur som planlagt. Det ble satt i gang en stor leteaksjon for å finne ham.
Fordi to andre leger ved det samme sykehuset er døde etter at Navalnyj ble behandlet der, vakte sjeflegens «forsvinning» stor interesse verden rundt.
Murakhovskij er nå helseminister i regionen Omsk i Sibir.
Hevdet at Navalnyj ikke var forgiftet
Murakhovskij ble kjent da han i august i fjor var sjeflege ved sykehuset der Aleksej Navalnyj ble behandlet etter at han ble dårlig på et fly i Sibir.
Legen behandlet opposisjonspolitikeren og hevdet at han hadde en stoffskiftesykdom.
Ifølge BBCs russiske tjeneste gikk Murakhovskij mot å sende Navalnyj til Berlin for behandling. Regimekritikeren har senere sagt at legen ble forfremmet til lokal helseminister for å ha funnet på en diagnose.
I Berlin bekreftet tyske myndigheter at Navalnyj ble forgiftet av den militære nervegiften Novitsjok.
Les mer: Russland vil stemple Navalnyjs organisasjoner som ekstremistiske
Mye uklart
En hel verden fulgte med på dramaet rundt Aleksej Navalnyj i august i fjor.
Senere har opposisjonspolitikeren takket besetningen på flyet for at de raskt landet flyet i Omsk selv om det skulle til Moskva. Han har også takket ambulansepersonalet i Omsk for at de umiddelbart satte i gang behandling mot forgiftning.
Men legene ved sykehuset kom i et merkelig lys da de hevdet at det ikke ble funnet spor av forgiftning.
En av dem, Anatolij Kalinintsjenko, sa ifølge BBC opp jobben sin i oktober i fjor.
En annen, sjeflegens stedfortreder, Sergej Maksimisjin, døde i februar i år av hjerteproblemer. Han ble bare 55 år gammel.
En annen lege ved sykehuset, Rustam Agisjev, døde i mars i år etter å ha fått slag. Han ble 63 år gammel.
Murakhovskij forlot jobben som sjeflege i november i fjor for å bli lokal helseminister.
Les også: Navalnyj: Jeg ser ut som et skjelett
Navalnyj fengslet
Aleksej Navalnyj vendte tidligere i år tilbake til Russland etter å ha fått behandling for forgiftningen i Berlin.
Han ble arrestert på flyplassen og senere dømt til to og et halvt år i fengsel for å ha brutt betingelsene for en tidligere betinget dom for økonomisk bedrageri.
Han sier selv at dommen er politisk motivert.
Navalnyj soner dommen i et fengsel øst for Moskva.
Hans organisasjoner i Moskva og rundt om i Russland har lagt ned all virksomhet.
Det skjedde nylig da myndighetene anklaget organisasjonene for å være ekstremistiske.
En domstol skal snart ta stilling til saken, og hvis myndighetene får medhold, kan det bli praktisk talt umulig å fortsette opposisjonens arbeid i Russland.
Les også: «Ingen kan konkurrere med Navalnyj om å være Putins fremste fiende»