- Jeg kan bekrefte at han er arrestert, sier informasjonsminister Mohammad Ali Durrani til AFP.
Soldatene drepte onsdag en mannlig student og en tilsynelatende mentalt syk mann.
Minst 21 personer er til sammen blitt drept siden kampene startet tirsdag.
Abdul Aziz ble avslørt da han forsøkte å flykte sammen med en gruppe kvinner som overga seg etter et døgn med blodige kamper.
- Vi pågrep Abdul Aziz mens han forsøkte å flykte fra moskeen iført en burka. Han gjorde ikke motstand, sier en sikkerhetssjef som var involvert i arrestasjonen. Hundrevis av studenter ved den omstridte moskeen overga seg i dag. Mens mennene ble anholdt, fikk kvinnene gå.
Lederens bror, nestleder Abdul Rashid Ghazi, er fortsatt ikke observert. Politiet tror han befinner seg inne i moskeen sammen med omtrent 1000 studenter som fortsatt oppholder seg der på tross av myndighetenes trusler om å sende sikkerhetsstyrkene mot dem som ikke overgir seg.
Kø for å komme ut av moskeen
Mer enn 1100 av de militante, islamistiske studentene har nå overgitt seg, flere av dem som følge av at lederen for moskeen ble arrestert tidligere i dag. Ifølge en sikkerhetssjef, er det nå omtrent 500 studenter igjen inne i moskeen, og lang kø av mennesker som venter på å få komme ut.
I Pakistans hovedstad Islamabad var det i ettermiddag igjen skyting i moskeen, der flere tusen militante studenter har forskanset seg.
