Det er foreløpig ikke klart om skytingen hadde et religiøst motiv.
Ifølge innenriksdepartementet i Egypt er fire av de fem sårede kristne.
Politimannen gikk på toget i Samalut i Minya-provinsen og åpnet ild mot en gruppe passasjerer med tjenestevåpenet sitt.
Han ble pågrepet etter hendelsen.
Alvorlige trusler
En koptisk biskop sier til nyhetsbyrået AFP at mannen lette etter kristne på toget.
– Da han så en gruppe jenter og kvinner som ikke bar slør, tok han dem for kristne og skjøt mens han ropte Allahu Akbar, sier biskop Morcos i Samalut etter å ha snakket med øyenvitner.
Flere hundre kristne samlet seg utover dagen ved sykehuset der de sårede ble behandlet. Det ble meldt om sammenstøt med politiet, som svarte med tåregass.
Det er blitt rettet alvorlige trusler mot kristne i Egypt. Første nyttårsdag ble 21 koptiske kristne drept i et angrep mot en kirke i Alexandria.
Kopterne mener myndighetene ikke gir dem god nok beskyttelse. Rundt 10 prosent av Egypts 80 millioner innbyggere er kristne.
- LES OGSÅ:
