Gjerningsmennene ventet utenfor Malalai Kakars hjem og skjøt mot bilen hennes da hun skulle dra hjemmefra, opplyste en talsmann for myndighetene i Kandahar søndag.
Taliban har tatt på seg skylden for drapet.
– Malalai Kakar døde utenfor sitt hjem, og sønnen hennes ble såret, sier Zalmay Ayoobi.
Tilstanden til sønnen skal være alvorlig.
Seksbarnsmoren er blitt kjent og omtalt i internasjonale medier for sitt politiarbeid i en av Afghanistans mest konservative provinser.
Kakar gjenopptok arbeidet som politi i 2001, etter at Taliban ble fjernet fra makten i 2001. Hun ledet en politienhet bestående av ti kvinner, og er en rekke ganger blitt truet på livet, ifølge AFP.