Til slutt ble fjernsynsstjerna sluppet fri mot i underkant av 13.000 kroner i kausjon, ifølge kilder i rettsvesenet.
Youssef er regnet som Egypts mest kjente satiriker, og i sitt ukentlige fjernsynsprogram Albernameg, eller «Showet», har han presset grensene for hva det er mulig å si høyt om landets politiske ledere.
Spøkte og tvitret mens han satt i avhør
Ifølge påtalemyndigheten er Youssef mistenkt for å ha fornærmet islam ved å gjøre narr av bønneritualer, og for å ha fornærmet Morsi ved å gjøre narr av hans internasjonale anseelse.
- LES OGSÅ:Voldsomme opptøyer mot Morsi i Egypt
Satirikeren lot seg ikke kue da han møtte til politiavhør søndag morgen.
Omkranset av en stor skare av pressefolk og fans poserte han i en gigantisk etterligning av en hatt som presidenten bar da han ble tildelt et æresdoktorat ved et universitet i Pakistan tidligere i mars.
Youssef hadde også på seg hatten da fjernsynsprogrammet hans gikk på lufta tidligere i uka.
Mens han satt i avhør, rakk han også å sende ut en twittermelding.
«Politifolkene og advokatene ønsker å få sine bilder tatt med meg. Kanskje det er derfor jeg ble innkalt til avhør?» skrev komikeren, som har mer enn 1,2 millioner følgere på Twitter.
Mohamed Morsi og Det muslimske brorskap kom til makten i Egypt i 2012, etter revolusjonen som fjernet Hosni Mubarak fra presidentembetet.
Foto: Maya Alleruzzo / ApBeordrer pågripelse av flere opposisjonelle
I forrige uke beordret myndighetene i Egypt at en rekke opposisjonelle aktivister skulle pågripes. De ble anklaget for å ha oppfordret til vold mot Morsi og Det muslimske brorskap.
Arrestasjonsordren på kjendis-satirikeren har vakt stor oppsikt både blant egypterne og andre steder i verden.
«Rørt av støtten fra folket og oppmerksomheten i media. Det er imidlertid mange flere rettsforfulgte aktivister som fortjener den samme støtten», skriver Youssef på Twitter-profilen sin søndag ettermiddag.
- Se intervju med Bassem Youssef (Al Jazeera)