Til slutt ble fjernsynsstjerna sluppet fri mot i underkant av 13.000 kroner i kausjon, ifølge kilder i rettsvesenet.
Youssef er regnet som Egypts mest kjente satiriker, og i sitt ukentlige fjernsynsprogram Albernameg, eller «Showet», har han presset grensene for hva det er mulig å si høyt om landets politiske ledere.
Spøkte og tvitret mens han satt i avhør
Ifølge påtalemyndigheten er Youssef mistenkt for å ha fornærmet islam ved å gjøre narr av bønneritualer, og for å ha fornærmet Morsi ved å gjøre narr av hans internasjonale anseelse.
- LES OGSÅ:Voldsomme opptøyer mot Morsi i Egypt
Satirikeren lot seg ikke kue da han møtte til politiavhør søndag morgen.
Omkranset av en stor skare av pressefolk og fans poserte han i en gigantisk etterligning av en hatt som presidenten bar da han ble tildelt et æresdoktorat ved et universitet i Pakistan tidligere i mars.
Youssef hadde også på seg hatten da fjernsynsprogrammet hans gikk på lufta tidligere i uka.
Mens han satt i avhør, rakk han også å sende ut en twittermelding.
«Politifolkene og advokatene ønsker å få sine bilder tatt med meg. Kanskje det er derfor jeg ble innkalt til avhør?» skrev komikeren, som har mer enn 1,2 millioner følgere på Twitter.
Beordrer pågripelse av flere opposisjonelle
I forrige uke beordret myndighetene i Egypt at en rekke opposisjonelle aktivister skulle pågripes. De ble anklaget for å ha oppfordret til vold mot Morsi og Det muslimske brorskap.
Arrestasjonsordren på kjendis-satirikeren har vakt stor oppsikt både blant egypterne og andre steder i verden.
«Rørt av støtten fra folket og oppmerksomheten i media. Det er imidlertid mange flere rettsforfulgte aktivister som fortjener den samme støtten», skriver Youssef på Twitter-profilen sin søndag ettermiddag.
- Se intervju med Bassem Youssef (Al Jazeera)