Akajev kunngjorde sin beslutning etter tre timer lange samtaler med en gruppe kirgisiske parlamentarikere i Moskva. Han flyktet fra Kirgisistans hovedstad Bisjkek til den russiske hovedstaden etter at han ble avsatt 24. mars.
– Vi er blitt enige på en rekke punkter, og det ene av dem er at den kirgisiske presidenten varsler sin avgang i en personlig kunngjøring. Den formelle avskjedsseremonien vil bli holdt mandag, sa Akajev i Moskva søndag.
Den 60 år gamle presidentens karriere var i virkeligheten over da tusenvis av demonstranter overtok regjeringsbygningen i Bisjkek i slutten av mars. Akajevs motstandere anklaget ham for grovt valgfusk.
Diplomater tror Akajevs avgang kan gjøre det lettere for de nye makthaverne i Bisjkek å bli godtatt som landets lovlige regjering. Det kan også bety at det blir lettere å sørge for at nyvalgene, som etter planen skal holdes i juni, blir frie og rettferdige.