Besøket var ikke varslet på forhånd, men Kerry innledet i helgen en planlagt rundreise i Midtøsten og Europa.
Ifølge Kerrys talskvinne, Jen Psaki, skal utenriksministeren diskutere hvordan USA kan hjelpe Irak med å håndtere de sunnimuslimske opprørerne som har tatt kontroll over flere viktige byer i landet.
Skal diskutere hjelp fra USA
Opprørere fra ekstremistgruppa Den islamske staten i Irak og Levanten (ISIL) har de siste ukene tatt kontroll over store deler av Irak.
– Kerry vil diskutere USAs bidrag for å hjelpe Irak i håndteringen av denne trusselen, sier Psaki.
I forrige uke meddelte USAs president Barack Obama at de vil sende opp til 300 militærrådgivere til Irak.
Minkende støtte
USAs utenriksminister skal møte en presset irakisk statsminister, som opplever synkende støtte på flere fronter.
– USA ønsker at det irakiske folket finner lederskap som kan representere hele Iraks folk, sa Kerry under sin stopp i Kairo i går.
Al-Maliki leder et splittet folk, der både kurdere og sunni-arabere er misfornøyde med hans innsats. Ifølge Kerry er det misnøye også blant sjiamuslimene, som er al-Malikis egne gruppe.