Hendelsen skjedde på en flygning fra Perth i Australia til Auckland på New Zealand.
Det hadde vært en viss spenning mellom de to pilotene, opplyser flyselskapet etter en gransking.
Kapteinen hadde blitt irritert over at flygningen ble forsinket av at styrmannen måtte gjennom en rutinemessig promilletest.
– Denne forsinkelsen frustrerte kapteinen som legger sin stolthet i effektivitet, sier Errol Burtenshaw, ansvarlig for operasjonell integritet og sikkerhet i flyselskapet.
I løpet av nattflygingen gikk styrmannen ut av cockpiten for å drikke kaffe med kabinbesetningen. Da han skulle inn i cockpiten igjen forsøkte besetningen i to minutter å få kontakt med kapteinen, uten å lykkes.
– Styrmannen ble bekymret over at kapteinen ikke svarte, og benyttet en alternativ inngangsmetode, sier Burtenshaw og legger til at hendelsen er blitt gransket og at myndighetene har fått en rapport.
Kapteinen ble satt på bakken i to uker, og styrmannen i en etter episoden.