De tre mennene bor i bosettingen Tapuah på Vestbredden, og skal være venner av 19-åringen som åpnet ild i bussen.
Politiet mistenker at de tre visste om angrepsplanene.
Israelske arabere streiker fredag i protest mot angrepet, og rundt 20.000 israelske arabere deltok fredag i gravferden til to muslimske søstre som ble drept i angrepet.
To av terrorofrene begraves (Scanpix/AFP)
Gravferden utviklet seg til en demonstrasjon mot rasisme og for nasjonal enhet. De sørgende viftet med palestinske og svarte flagg. To kristne, israelske arabere skulle gravlegges senere på dagen.
Den 19 år gamle gjerningsmannen tilhørte den forbudte ekstremistorganisasjonen Kach og hadde forlatt hæren i protest mot tilbaketrekkingsplanen for Gazastripen. Han hadde på seg militæruniform da han gikk på bussen og åpnet ild.
Israels statsminister Ariel Sharon fordømte angrepet som «en forkastelig handling av en blodtørstig jødisk terrorist».
Gjerningsmannen ble lynsjet av rasende arabere, og det var frykt for opptøyer blant arabiske grupper i Israel.
Sikkerhetsstyrker ble sendt både til Shfaram og andre arabiske områder for å forhindre voldsutbrudd.