De dødsdømte ble hengt tre forskjellige steder i landet, opplyser en talsmann for justisdepartementet.
Det var de første henrettelsene i Japan til nå i år.
Japan er det eneste store industrilandet bortsett fra USA som praktiserer dødsstraff. Dødsstraffen har stor oppslutning, til tross for vedvarende kritikk fra menneskerettsgrupper og andre land.
Japans nåværende justisminister Kunio Hatoyama går inn for å trappe opp bruken av dødsstraff.