Mer enn 15 pansrede kjøretøyer og jeeper tok kontroll over Abu Sneinah-høyden som ligger ovenfor bosetternes enklave. Soldater omringet en bydel i nærheten.
Hæren ville ikke kommentere hendelsen. Jødiske bosettere har krevd at hæren må ta kontroll over høyden.
I mars ble et ti måneder gammelt israelsk barn drept av en palestinsk snikskytter som skjøt fra denne høyden.
Seks palestinere ble såret i skuddvekslingen i Hebron torsdag.
Hebron har en palestinsk befolkning på 120 000, og en jødisk enklave med 400 bosettere i sentrum av byen.