Unnskyldningen kom i en telefonsamtale mellom den israelske statsministeren Naftali Bennett og den russiske presidenten torsdag ettermiddag.
– Statsministeren har tatt imot president Putins beklagelse og takket presidenten for at han klargjorde sine holdninger overfor det jødiske folk og minnene om Holocaust, skriver det israelske statsministerkontoret i en uttalelse.
Hevdet Hitler hadde jødisk blod
Det var på søndag den russiske utenriksministeren Sergej Lavrov skapte storm.
I et intervju med den italienske fjernsynskanalen TV Rete4 sa Lavrov at de største antisemittene er jøder. Og han trakk en linje mellom Adolf Hitler og den ukrainske presidenten Volodymyr Zelenskyj, som han snakket om.
Lavrov gjentok den russiske påstanden om at det ukrainske lederskapet består av nazister, og at Russlands mål er å «avnazifisere» Ukraina.
– Er Zelenskyj jødisk? Hitler hadde også jødisk blod i årene, hvis jeg husker riktig. De største antisemittene er nettopp jøder, skal Lavrov ha sagt ifølge den israelske avisen Haaretz.
Den ukrainske presidenten kommer fra en jødisk familie og mener det russiske argumentet om «avnazifisering» faller på sin egen urimelighet.
Zelenskyjs bestefar kjempet i den sovjetiske armeen under annen verdenskrig, mot nettopp Hitlers Nazi-Tyskland.
Meningsmålinger viser at høyreekstreme partier har liten oppslutning i Ukraina.
Utløste flere dagers krangel
Sergej Lavrovs utsagn førte til flere dagers hard ordveksling mellom Israel og Russland.
Israels utenriksminister Yair Lapid betegnet utsagnet som en «utilgivelig, opprørende og historisk feil».
– Å si at Hitler var jødisk er som å si at jødene drepte seg selv. Det var nazistene som forfulgte jødene. Det var kun nazistene som var nazister, og kun nazistene gjennomførte en systematisk utslettelse av det jødiske folk, sa Lapid dagen etter Lavrovs intervju med italiensk TV.
Utenriksministeren kommer i likhet med mange israelere fra en familie som ble rammet hardt av jødeforfølgelsen under andre verdenskrig.
Lapid gjorde det klart at han forventet en russisk beklagelse. Det samme gjorde statsminister Bennett. Russlands ambassadør til Israel ble også kalt inn for å motta en protest.
Det russiske utenriksdepartementet i Moskva aktet ikke å etterkomme Israels ønsker.
– Vi har merket oss utenriksminister Yair Lapids anti-historiske uttalelser, som i stor grad forklarer hvorfor myndighetene har besluttet å støtte nynazist-regimet i Kyiv. Historien har dessverre tragiske eksempler på samarbeid mellom jøder og nazister, skrev departementet i en uttalelse.
Israel har uttrykt støtte til Ukraina, men har ikke sluttet seg til de vestlige økonomiske sanksjonene mot Russland. Landet har også tilbudt seg å megle mellom de to naboene.
Det israelske Holocaust-senteret Yad Vashem understreker at påstanden om at Hitler hadde jødisk bakgrunn ikke er dokumentert. Identiteten til en av Hitlers besteforeldre er ukjent og dette har gitt opphav til ulike spekulasjoner.
– Like alvorlig er det å omtale ukrainere, og spesielt president Zelenskyj, som nazister. Dette føyer seg i rekken av historieforfalskninger og er en fornærmelse mot nazismens ofre, skrev Holocaust-senteret i en uttalelse.
Led enorme tap
Volodymyr Zelenskyj selv sa han var målløs.
– Dette betyr at det russiske lederskapet har glemt all lærdommen fra andre verdenskrig. Eller kanskje de aldri lærte noe, sa Zelenskyj i sin videotale dagen etter.
Russlands kamp mot Hitlers Tyskland og nazismen under andre verdenskrig er en viktig del av den russiske nasjonale identiteten.
Til sammen 6 millioner jøder ble drept av tyske nazister og deres kollaboratører under holocaust.
Ukraina, som frem til 1991 var del av Sovjetunionen, ble okkupert av Nazi-Tyskland. De materielle og menneskelige tapene var enorme.
Anslagene på sivile ofre varierer fra 5 til 7 millioner mennesker. Ifølge United States Holocaust Memorial Museum ble minst 1,5 millioner jøder ble drept innenfor grensene av det som er dagens Ukraina.
I tillegg anslås det at 2,7 millioner av soldatene som falt på sovjetisk side var etniske ukrainere.
En av verdens veteraner
Sergej Lavrov er en av verdens lengstsittende utenriksministre. Han regnes om en erfaren og kunnskapsrik diplomat, med mange års erfaring fra blant annet FN.
Mange som kjenner ham fra de posisjonene har uttrykt forundring over utsagnene han kom med på søndag.
Flere europeiske utenriksministre og regjeringsledere har reagert sterkt, det samme gjorde den amerikanske politiske ledelsen.
Italias statsminister Mario Draghi kritiserte den italienske fjernsynskanalen for å ha latt Lavrov snakke ut i nesten 40 minutter.
– De kalte det et intervju, men i virkeligheten var det et valgmøte, sa Draghi mandag kveld, dagen etter intervjuet.
Følg utviklingen i NRKs Nyhetssenter: