Klagen vil rette seg mot Syrias «manipulasjon av egne statsborgere for å utløse voldelige handlinger langs grensen», ifølge en talsmann for det israelske utenriksdepartementet.
LES OGSÅ: – 28 personer drept i Syria
Det var på søndag at flere hundre propalestinske demonstranter i Syria marsjerte mot det tungt bevoktede piggtrådgjerdet som utgjør grensen til Israel.
Israelske styrker åpnet ild mot demonstrantene som forsøkte å klatre over gjerdet ved våpenhvilelinjene på Golan-høydene fra syrisk side.
Ifølge syriske myndigheter ble minst 23 personer drept og 350 såret.
Anledningen til demonstrasjonen var 44-årsdagen for starten på seksdagerskrigen i 1967 da Israel okkuperte en rekke områder, blant annet Golan-høydene.
Aktivister i Israel, på Vestbredden og på Gazastripen, samt arabiske naboland, har i forkant oppfordret demonstranter om å storme israelske kontrollpunkter og grenselinjer.
Israels statsminister gikk ut med en klar og tydelig advarsel til de palestinske aksjonistene før demonstrasjonen.
– Som alle land i verden har Israel rett og plikt til å bevokte og forsvare sine grenser. Derfor er mine ordre klare: Opptre tilbakeholdent, men med den nødvendige besluttsomhet for å beskytte våre grenser, våre fellesskap og være borgere, sa statsminister Benjamin Netanyahu i en tale torsdag.
Israelske styrker holder tett sikkerhet langs grensene til Syria for å unngå fremtidige konfrontasjoner.
LES OGSÅ: Syria setter fri hundrevis av fanger
LES OGSÅ: Frykter blodige sammenstøt ved Israels grenser på søndag