Det opplyser en talsmann for hæren søndag morgen.
Israel begynte tilbaketrekningen fra Nablus og Ramallah på Vestbredden sent lørdag kveld.
I Ramallah fortsatte imidlertid hæren beleiringen av Yasir Arafats hovedkvarter, og tok opp nye posisjoner i utkanten av byen.
Hæren har også tatt opp nye posisjoner rundt Nablus.
Hensikten er ifølge israelsk kringkasting å hindre palestinske terrorister i å forlate byene.
Den israelske hæren fortsetter også beleiringen av Fødselskirken i Betlehem, hvor man inne i kirken regner med å gå tom for mat søndag.
Rundt 30 bevæpnede palestinere og 200 sivile, palestinske politifolk, samt lokale og utenlandske prester og nonner, har søkt tilflukt i kirken, som er bygget på stedet der de kristne mener Jesus ble født.