Dette skjer fire måneder etter at regjeringen til Ariel Sharon lovte å løslate 900 fanger, som ledd i forsoningsprosessen med palestinerne.
De første 500 ble løslatt i februar, men prosessen ble stoppet på grunn av et palestinsk selvmordsangrep i Tel Aviv, der fem israelske sivile ble drept.
Fangene har sittet både i fengsler og på militærbaser, og de blir samlet på fire punkter på den okkuperte Vestbredden og ved Erez på grensa til Gaza før de settes fri.
Regjeringen insisterer på at ingen av dem som løslates, har vært involvert i blodige angrep mot israelere. Over en firedel av fangene som ble løslatt, er medlemmer av Hamas.
Høyreekstreme avvist
Israels høyesterett avviste onsdag flere innvendinger mot løslatelsen fra en rekke høyreekstreme organisasjoner som frykter at de som settes fri, skal begå nye voldshandlinger mot Israel.
Sharon mener at løslatelsene er nødvendige for å styrke de moderate elementene i den palestinske ledelsen, og fordi Israel må respektere løftet som landet kom med på toppmøtet i Sharm el-Sheikh i februar.