De amerikanske og britiske flaggene ble firet ved det regionale hovedkvarteret til de internasjonale militærstyrkene søndag.
Det skjer 13 år etter at USA og Storbritannia sammen rykket inn i landet etter terrorangrepet mot USA 11. september i 2001.
Den amerikanske og britiske militærbasen ligger side om side i den urolige Helmand-provinsen sør i Afghanistan.
Camp Bastion har vært britenes hovedbase i landet siden 2006. For Storbritannias del er dette den siste britiske basen i landet som nå blir overlatt til afghanske styrker.
Basen har vært under nedbygging siden april, hvor mannskap og utstyr puljevis er sendt hjem. De siste månedene har den også vært under amerikansk kommando.
- Les også:
– Taliban ikke slått
Tidspunktet for når soldatene skulle avslutte oppdraget ble ikke gitt tidligere av sikkerhetsgrunner.
– Det er med stolthet vi kunngjør slutten på britiske militæroperasjoner i Helmand. Vi har gitt Afghanistan den best mulige sjansen til en stabil framtid, sier Storbritannias forsvarsminister Michael Fallon til BBC.
– Taliban er ikke slått, men afghanske styrker tar nå fullt ansvar, sa Fallon.
Han innrømmet at det er blitt gjort både politiske og militære feil i perioden i landet, men mener at britene har lært mye av oppdraget.
- Norsk forsker:
- Amnestys generalsekretær:
– Forsiktig optimist
For USAs del er det nå militærbasen Camp Leatherneck som nå pakkes sammen.
Camp Leatherneck er den største basen afghanerne tar over når den NATO-ledede militærinnsatsen offisielt avsluttes ved årsskiftet.
– Jeg er forsiktig optimistisk om at de vil klare å hjelpe seg selv. De må ville det mer enn det vi gjør, sier den amerikanske kommandøren Daniel Yoo.
– Akkurat nå ser gutta mest fram til å komme seg hjem. Det har vært en varm sommer, sier soldaten John Pratson.
En liten andel britiske soldater og offiserer blir fortsatt i Afghanistan, men stasjonert i Kabul hvor britene har ansvaret for et militærakademi. De amerikanske styrkene skal også over i en ren opplærings- og rådgivningsfunksjon.
Som følge av sikkerhetsavtalen mellom Afghanistans nye president Ashraf Ghani og USA, forblir rundt 12.500 utenlandske i landet også etter årsskiftet. 9.800 av disse vil være amerikanske. USA beholder også flere av sine militærbaser en tid fremover.
Mange døde
På det meste hadde USA og NATO 130.000 soldater i Afghanistan
2.349 amerikanske soldater har mistet livet i «Operation Enduring Freedom», som Afghanistan-operasjonen opprinnelig ble kalt. Britene på sin side har mistet 453 soldater.
Det finnes ikke eksakte tall på sivile afghanere som er drept i krigen siden 2001, men forsiktige anslag innebærer at tallet er minst 18-20.000.
I 2009 begynte FN-misjonen i Afghanistan, UNAMA, å telle sivile ofre. I første halvår i år ble 1.564 sivile drept, noe som er en økning på 17 prosent fra i fjor, ifølge disse tallene.
- Les også: