Det sier den afghanske etterretningstjenesten NDS, ifølge nyhetsbyrået AFP.
Lederen heter Hafiz Saeed og skal være blant rundt 30 drepte IS-krigere i droneangrepet som skjedde fredag i Nangarhar-provinsen i Afghanistan, nær grensen til Pakistan.
Dronedrapet på Hafiz Saeed kan være et hardt slag mot terrorgruppen Islamsk stat (IS) operasjoner i Afghanistan.
IS forsøker å skaffe seg fotfeste i det krigsherjede landet. Gruppen har vært i kamp med så vel Taliban som de afghanske, amerikanskstøttede myndighetene.
Flere tidligere Taliban-kommandører har sverget troskap til IS. IS inntok flere Taliban-kontrollerte områder forrige måned.
De nye IS-lojalistene er blitt mål for en rekke amerikanske droneangrep i Afghanistan. Tre andre IS-topper er den siste uken blitt meldt drept i samme område.
Forrige måned skrev også Taliban et brev til IS toppleder Abu Bakr al-Baghdadi der de advarte han mot å begynne en opprørskamp som går parallelt med Talibans i Afghanistan.
LES MER OM AFGHANISTAN: