Det var om lag 50 personer om bord i flyet. Det er ikke funnet overlevende.
Det var et framvisningsfly av typen Sukhoj Superjet 100 som forsvant i fjellområdet Bogor sør for Indonesias hovedstad Jakarta onsdag.
Flyet er Russlands første nyproduserte passasjerfly siden sovjettiden.
Helikoptersøk
Torsdag morgen ble vrakrester fra flyet funnet av mannskapet om bord i et helikopter som deltok i søket. Vrakrestene ble funnet ved en fjellskrent 1676 meter over havet, opplyser redningstjenesten i Indonesia.
De fleste om bord i flyet var indonesiere som arbeidet i luftfartssektoren, med unntak av åtte russere, en amerikaner og en franskmann.
Blant de åtte russerne var fire medlemmer av flymannskapet og fire ansatte i Sukhoj.
Borte over fjell
Flere titalls mennesker og to helikoptre ble satt inn i søket torsdag. Flyet ble borte fra radaren da det fløy over fjellet Salak, og søket var konsentrert om dette området.
Onsdag deltok flere hundre mennesker i letingen.
En beboer i fjellområdet sier til nyhetsbyrået AFP han så flyet gå lavt over fjellene, for så å forsvinne ut av syne. Deretter hørte han et smell.
– Det var fortsatt høyt over trærne da jeg så det, men det vinglet, sier beboeren.
Superjet 100-flyet er utviklet av Sukhoj i samarbeid med italienske Alenia Aeronautica.
Pakistanske Air Indus har vist interesse for å kjøpe åtte Sukhoi Superjet-fly. Flyet har blitt vist frem i seks asiatiske land: Myanmar, Pakistan og Kasakhstan, og etter Indonesia er planen at det skal prøveflyves i Laos og Vietnam.