Det ene huset tilhørte selvmordsbomberen som som sprengte seg selv i luften utenfor en kafé i Jerusalem på tirsdag. Sju israelere ble skadet i aksjonen.
Hæren rev også ned et hus som tilhørte et medlem av den militante gruppen Islamsk hellig krig.
Målet med aksjonen var å hindre flere selvmordsangrep, sier talsmannen.