Kisten var drapert i det iranske flagget. Den ble mandag båret opp på et podium. Der ble det lest høyt fra Koranen. Sangere hyllet Fakhrizadeh.
Atomfysikeren ble drept fredag i et attentat i Absard. Det ligger 70 kilometer øst for den iranske hovedstaden Teheran. Det er ikke kjent hvem som sto bak. Iranske ledere sier Israel stod bak. Det tror også flere vestlige etterretningskilder.
Ingen offisiell kommentar til drapet er kommet fra Israel.
Skal ha funnet Israelske våpen
Ifølge det offisielle «Iran Press News Agency», er det funnet våpen produsert i Israel på åstedet for drapet på atomfysikeren.
Analytikere har hevdet at attentatet var et forsøk fra Israels statsminister Benjamin Netanyahu og avtroppende president Donald Trump på å sabotere Joe Biden.
Den påtroppende presidenten ønsker å gjenoppta dialogen med Iran. Han skal også vurdere om USA skal slutte seg til den internasjonale atomavtalen med Iran fra 2015.
Økt anrikning
Fakhrizadeh ledet tidlig på 2000-tallet et militært atomprogram i Iran. Det ble ifølge Det internasjonale atomenergibyrået (IAEA) avviklet i 2003.
Men ifølge Israel og USA har Iran fortsatt planer om å utvikle atomvåpen. Landets ledelse nekter dette. De sier atomkraften er til sivilt bruk.
IAEA rapporterte i begynnelsen av november at Iran nå har 12 ganger mer anriket uran enn det landet skal ha ifølge den internasjonale atomavtalen.
BBC skriver at IAEA ikke finner Irans forklaring troverdig.
Etter at Fakhrizadeh ble drept har det iranske parlamentet krevd at IAEA ikke lenger skal få tillatelse til å inspisere atomanleggene i landet. Det melder blant andre Aljazeera.
Før mandagens begravelse ble kisten med Fakhrizadeh tatt til de hellige byene Mashhad og Qom. Kisten ble også ført til mausoleet i Tehran der den islamske republikkens grunnlegger, ayatolla Ruholla Khomeini, ligger gravlagt.