En person ble drept i angrepet. Ifølge NTB er den drepte den saudiarabiske generalkonsulen.
AFP melder at han ble drept i offisielt oppdrag.
Dette er det andre angrepet på saudiarabiske interesser i den pakistanske storbyen i løpet av en uke, melder AFP.
Sist onsdag kastet noen to granater inn i det arabiske konsulatet i Karachi. Pakistanske kilder spekulerte i om dette kunne dreie seg om et hevnangrep etter at bin Laden ble drept i sitt hjem tidligere denne måneden.
- Les også:
Kjørte med diplomat-skilt
Pakistansk politi sier til AFP at saudiaraberen kjørte i et kjøretøy med diplomat-skilt, da to personer på motorsykkel åpnet ild.
– Den ansatte ved konsulatet døde på stedet av skadene han fikk etter skytingen, sier Fayaaz Leghari, politisjef i den sørlige Sindh-provinsen, der Karachi er hovedstad.
De personene dro fra stedet på motorsykkel, ifølge Leghari.
– Vi fordømmer dette angrepet. Ingen som gjør slikt kan være en muslim, sa Saudi-Arabias ambassadør, Abdul Aziz Al-Ghadeer, til Reuters. Han spesifiserte ikke stillingen til den drepte.
Mulig bin Laden-hevn
Sharfuddin Memio, provinsiell minister, skal ha identifisert den drepte som en ansatt ved konsulatet.
– Vi undersøker om dette kan ha en sammenheng med operasjonen i Abbottabad, eller om dette er en frittstående hendelse, sier Memon til AFP, og sikter til operasjonen der bin Laden ble drept av amerikanske Navy Seal-styrker 2. mai.
Al Qaida er uttalte motstandere av den saudiarabiske regjeringen, og har sverget hevn etter bin Ladens død. Osama bin Laden er født i Saudi-Arabia.