Det kommer frem av et brev Cifuentes har sendt til generalsekretæren i Partido Popular (PP), Maria Dolores de Cospedal, skriver La Vanguardia.
I brevet skriver Cifuentes at hun går av for ikke å skadet "vårt kjære parti" som har behov for stabilitet.
Hun trekker seg fra sin partipost kort tid etter at hun onsdag gikk av som president for regionregjeringen i hovedstaden.
Butikktyveri og CV-juks
Cifuentes går av etter at O Diario onsdag publiserte en video fra 2011.
På videoen ber en sikkerhetsvakt Cifuentes om å åpne vesken og vise frem innholdet etter at hun er blitt anklaget for å butikktyveri i et supermarked.
Cifuentes har bekreftet at videoen er ekte, men insisterer på at det ikke var med vilje at hun tok med seg kremer og kosmetikk til en verdi av rundt 40 euro, nesten 400 norske kroner.
53-åringen var allerede i hardt vært etter at det for noen uker siden ble avslørt at hun i 2011–2012 mottok eksamenspapirer uten å ha tatt de nødvendige eksamener.
Politiet etterforsker nå saken etter at rektor ved universitet har innrømmet at eksamenspapiret er en «rekonstruksjon» av originalen der underskriftene til to professor er forfalsket.
Cifuentes selv benekter å ha gjort noe galt, og sier hun er blitt offer for en heksejakt.
– Alt jeg har gjort, hele mitt liv blir det stilt spørsmål ved, sier Cifuentes.
PP under press
Som kvinnelig regionspresident fra hovedstadsområdet, har Cristina Cifuentes vært en av de mer profilerte politikerne til regjeringspartiet PP.
Mens selve Madrid by styres av venstrepartiet Podemos, har regionen Madrid tradisjonelt vært en høyborg for PP.
Nå er partiet under press i av sentrumspartiet Ciudadanos før neste års regionvalg, skriver Reuters.
Mange velgere knytter PP til den omfattende korrupsjonen som har blitt avslørt i Spania de senere årene.
Fallende arbeidsløshet
For PP er det særlig ille ettersom regjeringen til statsminister Mariano Rajoy nå begynner å få skikk på spansk økonomi.
Mens Spania for fire år siden hadde en arbeidsløshet på nesten 27 prosent, er det i løpet av fire år med PP-styre redusert til så vidt over 16 prosent.
- Les også:
I stedet for ro til å vise frem resultatet av partiets politikk, har skandalen knyttet til Cifuentes ført til at spanske velgere igjen forbinder partiet med korrupsjon.