Funn på et slakteri viser et mulig utbrudd av virusvarianten H5N2, het det i en uttalelse fra landbruksdepartementet i landet.
Myndighetene analyserer nå funnene, og vil komme med det endelige resultatet i morgen torsdag.
Men uansett vil rundt 9.000 ender på et gårdsbruk i byen Gwangju bli slaktet, og på nærliggende fuglefarmer vil det bli undersøkt om fuglene viser tegn på sykdom.
Viruset er forskjellig fra det svært smittsomme H5N1-viruset, som rammet Sør-Korea og Sørøst-Asia, sies det.
Det skal aldri ha smittet mennesker, melder AFP.