Opp mot 150.000 mennesker har mistet livet i løpet av de årene konflikten har pågått. Det er særlig i Mindanao-regionen sør i landet, der separatistbevegelsen Moro Islamic Liberation Front (MILF) har kjempet for en selvstendig islamsk stat.
(Artikkelen fortsetter under bildet)
President Bengino Aquino og leder for MILF, Murad Ebrahim, signerte fredsavtalen under en seremoni i presidentens palass mandag.
Da hadde de to hatt samtaler under fire øyne. Før papirene ble underskrevet ga Ebrahim presidenten en miniatyr gongong.
– Dette er lyden av fred, sa han og slo på den.
Endelig fred i 2016
– Jeg kommer i fred og for å skape et partnerskap på grunnlag av rammeavtalen mellom MILF og regjeringen, sa Ebrahim rett etter at avtalen var signert.
Fredsavtalen, som partene ble enige om i starten av oktober, er en delavtale som sikter mot en endelig avtale for fred i 2016.
Avtalen går ut på å lage et veikart med mål om en autonom region i de muslimdominerte områdene sør i innen 2016, som også er tidspunktet Aquinos presidentperiode utløper. Dette er noe de rundt 12.000-medlemmene av MILF har kjempet for lenge.
Mindanao har store forekomster av gull, kobber og andre mineraler, i tillegg til å være et område med mye jordbruk. Det bor rundt fire millioner muslimer i området.
(Artikkelen fortsetter under bildet)
Mer makt lokalt
De to lederne møttes for andre gang mandag. De har tidligere holdt hemmelige fredssamtaler i Tokyo.
President Aquino har jobbet med fredsavtalen siden maktovertakelsen i 2010, og har store forventninger til fredssamarbeidet etter 15 år med fredssamtaler som er blitt forstyrret av voldelige utbrudd.
Den nye avtalen gir lokale myndigheter større makt og mer kontroll over naturressursene i Mindanaoområdet. Mens ansvaret for forsvars- og utenrikspolitikk, valuta- og posttjenester fremdeles vil ligge i Manila.
Radikale islamistiske grupperinger sagt at de vil fortsette å kjempe videre for en selvstendig islamistisk stat.