Ett av ofrene skal være en fem år gammel jente. Faren hennes fant et kamera med bilder som viste at hans datter ble seksuelt misbrukt, melder AFP.
Fransk militære har tidligere blitt kritisert for å reagere for seint når det er kommet i lignende søkelys, men nå reiser fransk militærpoliti til Burkina Faso for å etterforske saken, sammen med lokalt politi.
– Dette er en hær som tar slike anklager svært alvorlig, sier general Jean-Pierre Bosser til AFP.
– Toet sine hender
Saken blir kjent bare to måneder etter opprullingen av en lignende skandale der franske soldater var involvert.
En svensk FN-arbeider ble suspendert da han lekket en hemmeligstemplet FN-rapport fra 2014 til franske påtalemyndigheter.
I rapporten beskyldes 23 franske og afrikanske soldater for å ha forgrepet seg på barn, helt ned i tiårsalderen, som bor i en leir for internt fordrevne i hovedstaden Bangui, i Den sentralafrikanske republikk.
I henhold til interesseorganisasjonen Aids-free world, som først sendte rapporten til The Guardian, toet FN sine hender, også etter at overgrepene var kjent for dem.
Den franske hæren er også blitt kritisert for å reagere for sent når de er kommet i søkelyset for overgrep i Den sentralafrikanske republikk.
– Fikk penger og kjeks
Ett av ofrene organisasjonen skriver om på sine nettsider, er en 11 år gammel gutt.
Han fortalte UNICEF at en fransk soldat lovet ham mat i bytte mot oralsex. Soldaten fikk en vakt til å slippe gutten inn på basen. Der ble 11-åringen voldtatt. Så fikk han penger og kjeks.
Gutten ga en detaljert forklaring om hvordan soldaten så ut, og sa at han ville kjenne ham igjen om de viste ham et bilde.
Men selv om intervjuet ble overlevert MINUSCA (Fns fredsbevarende styrke i Den sentralafrikanske republikken), skjedde det ingenting, skriver Aids-free world:
«Ingen advarsel ble sendt til soldatene, ingenting ble gjort for å varsle verken franske eller andre myndigheter, ingenting ble gjort for å hindre pågående overgrep, og de titusen internt fordrevne flyktningene fikk ikke vite noe om barn og andre sivile er i stor fare fordi seksuelle overgripere gir seg ut for å være deres beskyttere».
– Sannhetene skal frem
Etter at rapporten ble lekket lovet det franske forsvarsdepartementet å gjøre alt for at sannheten skal komme frem.
Og FNs generalsekretær Ban Ki-moon sier han vil ha en uavhengig gransking av overgrepsanklagene.
Det har vært en rekke sexskandaler der FN fredsbevarende styrker i det siste, og i henhold til FN rapporten bytter FN-soldatene jevnlig varer mot sex.
Rundt 3,000 soldater er stasjonert i fem land i regionen. Der er i Mali, Chad, Mauritania og Niger, i tillegg til Burkina Faso, der de har en antiterror operasjon.
FN har rundt 125.000 soldater utplassert i en rekke land rundt verden.
