Wahid skal senere i dag dra til USA for å få medisinsk behandling. Han tok farvel med cirka 2.000 tilhengere som hadde samlet seg på plassen foran palasset.
- Når jeg kommer tilbake vil jeg kjempe for demokratiet med moralsk kraft og uten vold, sa Wahid før han dro av gårde til flyplassen.
Wahid ble avsatt mandag etter anklager om korrupsjon og vanstyre. Megawati Sukarnoputri har overtatt som Indonesias president.