Den tidligere etterretningssjefen Idelphonse Nizeyimana i universitetsbyen Butar er beskyldt for å ha organisert drapene på flere tusen tutsier under borgerkrigen.
Nizeyimana var under veis fra Kongo til Kenya da han ble arrestert.
BBCs korrespondent Will Ross i Ugandas hovedstad Kampala forteller at Nizeyimana hadde falske identitetspapirer da han ble pågrepet.
Rundt 800.000 tutsier og moderate hutuer ble drept i løpet av de 100 dagene galskapen varte.
Dronningen drept
Nizeyimana var kaptein i hæren og leder for etterretning og militære operasjoner under folkemordet, og er beskyldt for å organisert militære enheter som bidro til å gjennomføre folkemordet.
En av disse enhetene skal ha drept dronning Rosalie Gicanda, enke etter kong Mutara den 3., som døde i 1959, like før Rwanda ble republikk.
Den amerikanske menneskerettighetsorganisasjonen Human Rights Watch har opplyst at hutusoldater arresterte den 80 år gamle dronningen i hjemmet hennes i byen Butare og skjøt henne bak nasjonalmuseet.
Samme skjebne led flere av dronningens medhjelpere.
Brutale drap
Nizeyimana skal også ha gitt ordre om at soldatene han kommanderte skulle sette opp veisperringer. De som hadde id-kort som viste at de var tutsier ble drept med machetekniver. Han skal også ha vært med på å sette opp lister over tutsier som skulle drepes.
Soldatene hans angrep uiversitet i Butare der de drepte studenter og ansatte.
Krigsforbryterdomstol
En talskvinne for politiet i Kampala bekrefter at Nizeyimana er arrestert, og sier han er overført til krigsforbyterdomstolen for Rwanda i Arusha i Tanzania. Han blir tiltalt for folkemord og for forbrytelser mot menneskeheten.
Den tiltalen vil også omfatte påstander om at han ga soldater ordre om å bortføre en gruppe flykninger, blant dem 25 barn, som ingen har sett noe til seinere.
