Formålet er å få oversikt over hvor mange som ble drept og arrestert under urolighetene i september.
Pinheiro kom til Rangoon i dag, etter å ha mottatt invitasjon fra militærjuntaen tidligere denne måneden.
I 2003 avbrøt Pinheiro sitt daværende Burma-besøk da han fant et lytteapparat i et fengsel hvor han intervjuet politiske fanger.
Han sier at han ikke vil nøle med å avbryte også denne gangen, hvis ikke juntaen gir ham fri tilgang til blant annet fengsler.
– Hvis de ikke samarbeider fullt ut, vil jeg sette meg på flyet og forlate landet, sa Pinheiro før han reiste.
Forsvunnet og døde
Amnesty International anslår at det sitter 700 politiske fanger i burmesiske fengsler. 91 av disse skal ha blitt arrestert under demonstrasjonene i september.
13 mennesker er bekreftet drept. Aktivister og vestlige observatører hevder det riktige tallet er nærmere 200.
Amnesty mener også at regimet står bak forsvinningen av 72 personer.
Menneskerettighetsorganisasjoner oppfordrer Pinheiro til å be militærjuntaen løslate personer som ble arrestert i forbindelse med demonstrasjonene i september.
Til Pinheiro skal, etter planen, bli fløyet til hovedstad Naypyidaw i morgen.
Ifølge myndighetene skal han møte Burmas utenriksminister og statsminister samt landets menneskerettighetskomité,
Det er ukjent om Pinheiro skal møte Aung San Suu Kyi.
Les også: