Uroen skyldes harme over karikaturtegningene av profeten Muhammed.
Ifølge talsmannen Adrian Edwards er det snakk om ni ikke-sentrale ansatte i FNs bistandsorganisasjon for Afghanistan.
De forlater Mainama uten at innsatsen i området berøres.
Andre FN-organisasjoner vurderer å gjøre det samme, sa Edwards tirsdag.
Flere hundre demonstranter gikk tirsdag amok i Mainama og kastet håndgranater, skjøt med håndvåpen og kastet stein mot norske ISAF-soldater.
En demonstrant ble drept da afghansk politi åpnet ild, sa byens politisjef Khaliullah Ziaye.