Det er det andre arabiske flyet på to dager som flyr til Irak etter ti års sanksjonsregime.
Sanksjonene ble innført av FNs sikkerhetsråd som følge av Iraks invasjon av Kuwait, og står fremdeles ved lag.
Men presset for å heve sanksjonene øker, og det er to av Sikkerhetsrådets faste medlemmer, Russland og Frankrike,
som leder an.
Flyet fra det nasjonale selskapet Yemenia måtte gjøre vendereis til Sanaa da det ble nektet å fly over saudisk territorium. Foruten utenriksminister Abdel Qader Bajammal hadde det med seg hundre personer som skulle gi humanitær hjelp til det irakiske folk.
Første arabiske fly til Bagdad på ti år tok av i Amman onsdag med en offisiell delegasjon.
Etter sanksjonsbestemmelsene skal land søke FNs sanksjonskomite om unntak for å kunne fly til Irak, men de faste medlemmene av Sikkerhetsrådet er uenige om hvordan denne bestemmelsen skal tolkes.
Tre russiske fly og et fransk har landet i Bagdad siden midten av august, tross sterk fordømmelse fra USA.
Frankrike, Russland og Kina mener sanksjonene ikke gjelder private, ikke-kommersielle flygninger. De mener videre at det ikke er nødvendig å be FN om lov, men at det holder å informere FN om flygninger til Bagdad.