Ulykken skjedde tirsdag, men nyheten ble ikke kjent før torsdag morgen fordi ulykken skjedde i et svært avsidesliggende område.
Ifølge Leger uten grenser, som har en representant i området, er 118 mennesker funnet døde etter at en båt forliste.
Men Vajii Sitolo, helseminister i Kongo, sier at to båter kolliderte, og at 200 mennesker er omkommet og 600 fortsatt savnet. Ulykken skjedde på innsjøen Mayi Ndombe omkring 40 mil nordøst for hovedstaden Kinshasa.
Regjeringen i Kongo har sendt en delegasjon til stedet for å undersøke nærmere hva som er skjedd, men trolig er det for sent å finne overlevende etter forliset, opplyser Arnaud Zajtman, BBCs korrespondent i Kinshasa.
Elvene i Kongo er en svært viktig del av infrastrukturen i landet, men mange av ferjene tar med altfor mange passasjerer, ifølge Zajtman.