Ved det velkjente strandhotellet Reef Hotel i bydelen Nyari skal en hjemmelaget bombe ha gått av, men ingen ble såret eller drept i den eksplosjonen.
Innenriksdepartementet i Kenya sier at tre personer ble drept og flere såret da en granat ble kastet inn i en folkemengde i Mwembe Tayari-området, som ligger nærmere sentrum av millionbyen.
– Vi har to hendelser. En på busstasjonen, der tre mennesker mistet livet. I den andre, som skjedde ved et hotell i Nyari, ble ingen såret, sier en politimann til nyhetsbyrået AFP.
Ingen har tatt på seg skylden for angrepene.Kenya har den siste tiden blitt rammet av en rekke angrep der skytevåpen og granater har blitt benyttet.
Angrepene har skjedd i både hovedstaden Nairobi og i Mombasa, som er landets nest største by.
Myndighetene har sagt at den al-Qaida-tilknyttede islamistgruppen al-Shabaab har stått bak tidligere angrep. Kenya sendte soldater til det sørlige Somalia i 2008 for å bekjempe gruppen.
Den store, muslimske minoritetsbefolkningen langs kysten har vært et godt rekrutteringsområde for islamistbevegelsen, siden mange muslimer føler seg marginalisert av den kristendominerte regjeringen i landet.
Al-Shabaabhar blant annet tatt på seg ansvaret for angrepet mot Westgate-kjøpesenteret i Nairobi i fjor, der 67 mennesker ble drept.