Rapporten er gjengitt i avisen The Sunday Times denne uken.
Flere hundre islamist-krigere ble med hjelp fra Eritrea fløyet til Syria og Libya, hvor de fikk militær opptrening, heter det i rapporten til FNs sikkerhetsråd.
Enkelte skal også ha kjempet sammen med Hizbollah-militsen i Libanon.
FN-granskerne beskriver også hvordan islamistene fikk militær bistand fra Saudi-Arabia og Egypt, som er to av de arabiske landene med best forbindelser til Vesten. Iran skal dessuten ha utstyrt islamistene med 125 bakke-til-luft-raketter.
Den ulovlige operasjonen med å frakte islamistene ut av Somalia slik at de kunne bli trent opp i andre land, startet i juli i fjor, skriver The Sunday Times.
Vestlige etterretningsorganer har konkludert med at et betydelig antall utlendinger som sympatiserte med islamistene, reiste til Somalia etter at islamistene tok makten i landet en periode i fjor høst.
Somaliske soldater tok med støtte fra nabolandet Etiopia tilbake makten i landet like før nyttår.