Vedtaket mandag i valgkommisjonen, som har tolv medlemmer, var enstemmig og ble begrunnet med den omstridte dommen Navalnyj har fått for bedrageri.
Navalnyj sa straks etter at avvisningen var kunngjort, at han vil anke beslutningen, og han oppfordret alle sine tilhengere til å boikotte valget om han ikke får stille mot sittende president Vladimir Putin, som allerede har varslet at han stiller til gjenvalg, ved valget i mars neste år.
Les også: Forsøker å kjempe mot Putin
– Alvorlig dom
Valgkommisjonen sier at Navalnyjs forbrytelse må regnes for å være alvorlig, og fratar ham derfor retten til å stille til valg som president.
41 år gamle Navalnyj, som er Russlands mest kjente opposisjonspolitiker og den alvorligste utfordreren Putin har stått overfor, ble i 2013 dømt til fem års betinget fengsel, en dom han selv hevder var politisk motivert.
Les også: Kaller dommen mot Aleksej Navalnyj «vilkårlig og urettferdig»
Den europeiske menneskerettighetsdomstolen annullerte dommen i fjor, men da Russlands høyesterett behandlet saken, fikk han nøyaktig samme dom som første gang, med nesten identisk begrunnelse.
Les også: Putin-kritikar Alexej Navalnyj arrestert
– Velgerstreik
– Vi erklærer velgerstreik. Vi vil be alle om å boikotte dette valget, og vi vil ikke godta resultatet, sa Navalnyj etter at valgkommisjonens beslutning ble kunngjort.
Navalnyj holdt valgmøter over hele Russland søndag, og minst 15.000 mennesker sluttet opp om kandidaturet hans. Deretter sendte han inn nominasjonen søndag kveld, men sa det var et foruroligende tegn at kommisjonen sa den ville komme med en beslutning allerede neste dag.
I møtet med kommisjonen argumenterte Navalnyj med at dommen mot ham var opphevet av menneskerettighetsdomstolen, og at det ville frata valget i mars legitimitet om han ikke fikk stille.
Navalnyj har i løpet av året bygd opp en betydelig kampanje, særlig på sin blogg og på Youtube, basert på kamp mot korrupsjon. Han har avholdt flere store folkemøter der særlig mange unge russere møtte opp.