Soldaten krysset grensen til Sør-Sudan og omringet Jior og Kok der barna angivelig blir holdt av Murle-stammefolk.
Regjeringen i Etiopia sier minst 208 mennesker ble drept da stammen angivelig angrep landsbyer i Etiopia fredag og stjal mer enn 2.000 kyr. Myndighetene sier at minst 60 av angriperne er drept.
Tusenvis av flyktninger fra Sør-Sudan oppholder seg i regionen nær den etiopiske grensen, dit de flyktet etter at krigen brøt ut i landet i desember 2013. Regionen er også hjem til etiopiske og sørsudanske væpnede grupper som angriper regjeringskontrollerte poster og soldater.
Etiopia innledet onsdag to dagers landesorg for å hedre ofrene i fredagens angrep. Statsminister Hailemariam Desalegn sa i en tale til nasjonen at Etiopia er i samtaler med Sør-Sudan for å innlede felles militære tiltak mot angriperne.
Talsmenn for EU sa onsdag at unionen har vært i kontakt med myndighetene i Sør-Sudan for å sikre at de bortførte barna blir returnert umiddelbart til sine familier, og at de som er ansvarlige for angrepene blir holdt ansvarlig. Frankrike har beskrevet angrepene, som ble utført mot 13 landsbyer over hele Gambela-regionen, som «uakseptable».
