Stormen kom inn fra Middelhavet og traff Valencia, Murcia og Alicante. Vannet raste nedover det bratte terrenget og førte til omfattende skader på infrastrukturen.
To mennesker har omkommet. De satt i en bil som ble tatt av vannet, melder Reuters.
– Dette er veldig ekstremt. Når det faller opp mot hundre millimeter nedbør i timen, så er det voldsomt, forteller statsmeteorolog Bente Marie Wahl.
Hun ser på værkart som forteller at uværet oppsto plutselig natt til torsdag og at det vil fortsette å regne tett i det neste døgnet.
– Det er varmt hav og veldig mye energi tilgjengelig. Det er slik som skjer, men dette er mye nedbør, sier Wahl.
Veier er stengt og tog står.
Den meteorologiske tjenesten meldte at det kom 90 millimeter med nedbør på en time, og at stormen bare fortsatte.
Mange hus er oversvømt, og i sosiale medier kommer det videoer som viser den voldsomme effekten vannet har.
Vannmassene førte til at de lokale innbyggerne bare måtte søke til trygge områder. Noen risikerte liv og lemmer for å redde verdier.
De kraftige kastevindene i stormen førte til skader, men uværet markerte seg også med å skape en rekke, små tornadoer.
Ett av de første stedene som ble rammet, Ontinyent sør for Valencia, ble bombardert med 350 liter regn per kvadratmeter på ett døgn.
Den meteorologiske tjenesten AEMET melder at det er den kraftigste nedbøren registrert i regionen siden 1917.
Tjenesten advarte folk i går kveld om farene knyttet til så store nedbørsmengder. Byrået la til at dagen i dag kanskje var en god dag til å være hjemme.
Det vil fortsette å regne meget hardt i regionen fram til rundt midnatt, fredag.