Carlos Alvarado fikk 60,8 prosent av stemmene, opplyste lokale myndigheter da mer enn 95 prosent var telt opp.
– Det er mer som bringer oss sammen enn som splitter oss. Min oppgave er å samle republikken, lede den framover og gjøre det til en av de ledende republikkene i det 21. århundret, sa den 38 år gamle vinneren til sine tilhengere sent søndag.
På Twitter skrev han: I dag, med verden som vitne, har vi sendt et vakkert demokratisk signal.
Erkjente nederlaget
Det sto mellom ham og den kristenkonservative predikanten og sangeren Fabricio Alvarado. 43-åringen stakk av med seieren i presidentvalgets første runde 4. februar, men denne runden fikk han kun 39,2 prosent av stemmene.
– Vi vant ikke valget, men vi kan godta resultatet med hodene våre hevet, sa han til tilhengerne sine kort tid etter at det ble klart at han hadde tapt. Han takket også gud og gratulerte motkandidaten med seieren.
Presidentvalget har den siste tiden splittet de fem millioner innbyggerne i det lille landet, og de stemmeberettigede måtte søndag velge mellom en hardnakket motstander av homofiles rettigheter og den langt mer liberale eksministeren.
Tøff kamp
Mens Fabricio brukte valgkampen til å fremheve sin motstand mot likekjønnede ekteskap, abort og kunstig befruktning, noe som falt i god jord også hos flere katolske velgere, førte Carlos en mye bredere valgkamp.
Han ga løfter om å videreføre prioriteringene til regjeringspartiet PAC, som innebærer å tøyle et stadig økende budsjettunderskudd, styrke utdanningen og å bevare miljøet. Han er dessuten tilhenger av likekjønnede ekteskap og lover å kjempe for bedre likestilling.
President Luis Guillermo Solis har hatt makten siden 2014, men regjeringen hans har slitt med korrupsjonsanklager, og grunnloven hindrer ham i å stille til gjenvalg for en andre periode.
Carlos Alvarado gikk av som arbeidsminister i januar for selv å stille til valg. Han blir tatt i ed neste måned og tar da fatt på en fireårsperiode som president.
