Avgørelsen ble kunngjort mandag av presidentens kontor.
I forrige uke hadde Klar og Köhler et møte om benådningssøknaden, og det var ventet at forbundspresidenten ville gå inn for benådning.
Striden om hvorvidt den dømte terroristen bør slippes fri etter 24 år bak murene, eller fortsette å sone sin straff, har satt sitt preg på tysk politikk den siste tiden.
Spesielt har den konservative siden gått hardt ut mot Köhler og gjort det klart at han ikke kan regne med å bli gjenvalgt i 2009 om han skulle velge å la Klar gå fri.
Medvirket til drap
Den nå 54 år gamle Christian Klar, som på 1970-tallet var leder for den tyske terrorgruppa Røde Arméfraksjon, har vært fengslet siden januar 1983.
Han er dømt for sin medvirkning til drapene på arbeidsgiverpresident Hanns Martin Schleyer og riksadvokat Siegfried Buback i 1977.
Etter 24 års fengsel skal han ha rett til lettelser i soningsforholdene, men kan først bli løslatt på prøve i 2009 om han ikke benådes.
I mars ble en annen tidligere RAF-leder, Brigitte Mohnhaupt, benådet og løslatt
RAF, også kjent som "Baader-Meinhof Gang" etter grunnleggerne Andreas Baader and Ulrike Meinhof, skal stå bak drapene på 34 mennesker i tidsperioden 1970 og 1991.