Nattoget var på veg mellom Leiden og Haag då ulukka skjedde rundt klokka 03.25 ved småbyen Voorschoten.
Toget spora av då det køyrde inn i ein kran som stod på sporet.
Det var kranføraren som blei drepen, ifølgje lokale medium. 19 menneske blei sende til sjukehus, andre fekk behandling på staden, opplyser brann- og redningstenesta til nederlandsk radio.
Den fremre delen av passasjertoget hamna ute på eit jorde, og den midtre delen blei liggjande velta langs sporet.
I den bakre delen av toget braut det ut brann, men den er no sløkt, skriv avisa De Telegraaf.
– Vedlikehaldsarbeidet var planlagt, og vi veit ikkje kvifor kranen stod på sporet, seier administrerande direktør John Voppen i vedlikehaldsselskapet ProRail.
Ein mann som var om bord på toget seier til TV-stasjonen Omroep West at passasjerane først ikkje kom seg ut fordi straumen hadde gått.
Togtrafikken mellom Leiden og Haag er innstilt inntil vidare som følgje av ulykka, ifølgje togselskapet NS. Dette er ei av dei mest trafikkerte togrutene i Nederland.