Dei to som vart drepne var tilhengarar av Cellou Dalein Diallo, ein av kandidatane til presidentvalet til helga.
Fleire vitne fortel at politiet blei angripe av unge tilhengarar av partiet til Diallo, Unionen for demokratisk styrke i Guinea (UFDG), som kasta stein i fleire distrikt i hovudstaden Conakry.
Politiet svarte med varselskot, men skaut til slutt rett mot dei unge demonstrantane.
– Ein provokasjon
Ifølgje leiaren for menneskerettigheitskommisjonen i Guinea, Aliou Barry, vart to lik funne. Politiet har førebels ikkje stadfesta dødsfalla.
– Byen er fullstendig militarisert. Det er ein provokasjon, enkelt og greit, seier Barry til AFP.
StatsministerJean-Marie Dore sa måndag at han ikkje ville tolerere meir vald, og gav «presise og presserande ordre» om at sikkerheitsstyrkar måtte slå til mot urostiftarane, melder AFP.
Slutt på diktatur
I første runde av presidentvalet, som blei avvikla i juni, fekk presidentkandidaten Diallo desidert mest stemmer med 43 prosent oppslutnad. Nummer to var Alpha Conde med 18 prosent.
- LES OGSÅ: Mogleg militærkupp i Guinea-Bissau
Ettersom valsystemet krev at ein av kandidatane må ha meir enn femti prosent av stemmene for å bli vald som president, er det søndag duka for runde nummer to.
Presidentvalet skal gjera slutt på fleire tiår med diktatur og militærstyre i det vestafrikanske landet, der ein junta er i ferd med å overgje makta til folkevalde politikarar.