– Jeg vil la hele landet få vite at jeg går av, sa Merino i den direktesendte talen, ifølge AFP.
– Jeg ønsker i likhet med alle andre det som er best for landet vårt, la han til.
Merino hadde kun minutter tidligere fått beskjed fra landets nasjonalforsamling om at han hadde frist til klokka 18 lokal tid til å gå av, før de ville sette i gang riksrett mot ham.
Ifølge AFP ble Merinos avgang møtt med jubel i store deler av hovedstaden Lima.
Minst tre døde
Det er bare fem dager siden Merino, som ledet nasjonalforsamlinga i landet, ble satt inn som Perus midlertidige president. Bakgrunnen var at de folkevalgte mandag stemte for at presidenten Martín Vizcarra måtte gå av.
Merino regnes som en heller ukjent skikkelse i Perus offentlighet. Han fikk makten da nasjonalforsamlingen brukte en klausul fra 1800-tallet og erklærte Martín Vizcarra for å være uegnet. Bakgrunnen er anklager om korrupsjon.
Avgjørelsen førte umiddelbart til demonstrasjoner i store deler av landet. Lørdag utviklet fredelige demonstrasjoner seg til å bli voldelige.
Da enkelte personer kastet stein og kinaputter, svarte politiet med tåregass. Sammenstøtet endte med at to menn i 20-åra ble drept. Senere ble det kjent at en tredje person også mistet livet.
Ifølge AFP skal en av mennene ha dødd etter å ha blitt skutt. Minst 13 av ministrene til Merino gikk av kort tid etterpå.
Søndag ble det kalt inn til ekstraordinære møter i nasjonalforsamlingen for å diskutere om Merino skulle kastes.
– Jeg ber Merino vurdere å gå av umiddelbart, sa nasjonalforsamlingens leder, Luis Caldez.
Anklages for korrupsjon
Målinger viser at et stort flertall i folket mener Martin Vizcarra ikke burde ha blitt avsatt.
Vizcarra ønsket å sette i gang politiske reformer i Peru da han ble valgt til president, men har møtt kraftig motstand i nasjonalforsamlinga. Der tilhører flertallet opposisjonen.
Vizcarra mener nasjonalforsamlingen jobber aktivt mot hans planer for å få bukt med nettopp korrupsjon. Rundt halvparten av dem som sitter i nasjonalforsamlingen er under etterforskning.
For knappe to måneder siden overlevde han et mistillitsvotum.
Vizcarra beskyldes selv for høyforræderi av opposisjonen. Han skal ifølge dem ha tatt imot bestikkelser da han var guvernør for seks år siden.
Presidenten avviser anklagene blankt. Perus påtalemyndighet etterforsker saken. Vizcarra er så langt ikke siktet.
Vizcarra stiller nå spørsmål ved om avsettelsen av ham som president er lovlig, ifølge BBC.